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jueves, 10 de octubre de 2013

METHINKS IT IS LIKE A WEASEL

Uh!, Rafa enloqueció... ¿qué cuernos significa eso?.

Bueno, no desespere, esto es un ejercicio clásico que permite entender el principio básico de la selección natural. El ejercicio fue inicialmente propuesto por Richard Dawkins en "The Blind Wathmaker" (El fabricante ciego de relojes).

El genoma aquí está representado por un texto inicial cualquiera. Cada letra representa un gen y cada carácter posible es un alelo para cada gen (en este caso cada gen tiene como alelos posibles todas la letras del alfabeto, sus mayúsculas, el espacio y los números del 0 al 9). Cada generación el programita crea tantas copias del "Genoma Inicial" como el "Tamaño de la Progenie" propuesto. A cada gen de cada individuo de la progenie lo muta con la "Tasa de Mutación" como probabilidad (elige al azar un número entre 0 y 1 y lo compara con la "Tasa de Mutación", si es menor lo muta). La mutación consiste en reemplazar el alelo actual por alguno de los posibles también seleccionado al azar. El "fitness" (en inglés significa ajuste) cuenta la cantidad de letras coincidentes entre un genoma determinado y el "Objetivo de Selección".

Genoma Mutado Sin Selección: En el caso de no existir selección dirigida el programa toma al azar uno de los individuos de la progenie y lo usa como reproductor de la siguiente generación.

Genoma Mutado Con Selección: En el caso de existir selección natural, a todo los hijos les calcula el "fitness" y selecciona el que lo tiene mayor como reproductor de la siguiente generación.

La frase "METHINKS IT IS LIKE A WEASEL" significa "Me parece que es como una comadreja", es un chiste de Dawkins que usó en su ejemplo y la conservo por motivos históricos. La frase es de Hamlet, el chiste es que un mono podría escribir al azar una frase de Shakespeare, pero la probabilidad es bajísima.... aunque no tan baja para la selección natural!.

Juegue con el programita todo lo que quiera. Una cosa que puede hacer es poner en "Cantidad de Generaciones" 1 (uno) y de esa manera observará qué ocurre en cada generación. Es interesante... pero rápidamente aburridísimo. Es particularmente interesante ver qué pasa cuando se cambia la "Tasa de Mutación" y / o el "Tamaño de la Progenie". ¿Qué valores minimizan el tiempo necesario para llegar al objetivo de selección?, ¿está seguro...?

Recuerde que si cambia alguno de los parámetros iniciales debe presionar el botón "Establecer Parámetros" antes de comenzar el proceso, porque si no, sólo funciona con los parámetros anteriores. Una limitación del programita es que no cambia el tamaño del genoma, de modo que si pone como genoma inicial un texto de tamaño diferente al "Objetivo de Selección", no llegará nunca al objetivo exácto. Lo que sí puede ocurrir es que el genoma se le acorte, eso ocurre cuando la última letra se muta por un espacio (veré si puedo hacer que el tamaño sea variable... pero más adelante).


Objetivo de Selección

Genoma Inicial

Cantidad de Generaciones
Tamaño de la Progenie
Tasa de Mutación

Generación Actual

Genoma Mutado Sin Selección

Genoma Mutado Con Selección